Les enjeux des Unions Régionales se situent dans la mise en œuvre des orientations politiques et stratégiques du CNIDFF et d'une stratégie territoriale. De ce point de vue, les Unions Régionales sont actrices de projets régionaux sur tout ou partie du territoire, représentent les CIDFF de la région et font valoir leur rôle d'expertise. Les Unions Régionales coordonnent ces projets en s'attachant aux réalités sociales et économiques des bassins et en lien avec les politiques départementales. Elles déclinent sur les régions les orientations retenues par le CNIDFF, ainsi que les conventions nationales de partenariat.
Le rôle des Unions Régionales s'articule autour de 5 fonctions complémentaires, redéfinies dans le document de cadrage, adopté par le Conseil d'Administration du CNIDFF du 14 juin 2011 :
Les missions de l'Union Régionale des CIDFF d'Auvergne-Rhône-Alpes : une structuration régionale stratégique.
Les neufs associations départementales ont travaillé à la définition d'un projet associatif stratégique (2014-2016) qui repose sur quatre lignes directrices fondamentales :